熱田の杜（もり）奥深く鎮まります本宮は、明治26年までは尾張造りの社殿でしたが、三種の神器奉斎の社であることから伊勢の神宮とほぼ同様の社殿配置・規模の神明造りに改造されました。

昭和20年3月・5月と、2回の戦災を受けましたが、昭和30年10月に造替されました。また平成21年、創祀千九百年の記念事業で社殿の造営等が行われました。

本宮の拝所は外玉垣御門（とのたまがきごもん）の前で、この御門と四尋殿（よじんでん）を併せ拝殿と称し、東西翼廊を付設しています。

その拝殿より御垣内を拝すると、一番奥に最も高く千木（ちぎ）・勝男木（かつおぎ）の見える社殿が「本殿」で、熱田大神はここに鎮まります。拝殿から順に「外玉垣」「内玉垣」「瑞垣（みずがき）」の垣があり、垣の各南正面には御門があります。内玉垣と外玉垣との間の広場を「中重（なかのえ）」といい、正面中程に立っている鳥居を中重の鳥居といいます。例祭をはじめ祭典の多くはこの中重にて斎行されます。